L’académie du Var compte parmi ses pères spirituels Nicolas-Claude Fabri de Peiresc (1580-1637) qui, par sa correspondance et son savoir universel, gouverna jusqu’en 1637 la « République des lettres, sciences, arts, inscriptions, antiquités, médecine, agriculture et jardins » à partir de son cabinet d’Aix-en-Provence et de sa maison natale de Belgentier. Dès 1668, M. d’Héricourt, procureur du roi à Toulon, demanda la faveur d’ériger dans cette ville une académie dépendante de l’Académie française, comme celle d’Arles à la même époque. L’affaire était en très bonne voie, mais elle n’aboutit pas, sans que l’on connaisse le motif.
Le décret du 8 août 1793, supprimant les académies de province, brisa peut-être des tentatives locales de création d’une telle société savante à partir de cercles littéraires locaux animés par quelques professeurs et des officiers de la Marine. Au lendemain de la reprise de Toulon par les Républicains, une commission pour la recherche des monuments des sciences et des arts reçut la mission de faire l’inventaire et la classification de tous les objets dignes d’être conservés. Sous la direction d’Honoré Giraudy, officier de santé, puis agent national et, enfin membre du corps enseignant de l’école Centrale, se constitua le premier fonds des futures bibliothèques de la ville et de la marine.

Au vrai, l’académie du Var est née le 7 février 1800, sous le nom de Société des sciences, belles-lettres et arts siégeant à Toulon, du désir, de la volonté et de la persévérance de quelques officiers de santé de la Marine et de professeurs du collège de Toulon. Ils furent puissamment aidés par les autorités maritimes, dont l’ordonnateur, le directoire municipal et celui de Draguignan. Son premier président fut Honoré Giraudy.

Après une relative éclipse, que l’on doit vraisemblablement au contexte politique, cette société d’émulation reprit ses activités en janvier 1811, sous l’impulsion de Joseph François Hernandez, chirurgien en chef de la marine d’État et premier président statutaire de l’Académie des sciences, belles-lettres et arts de Toulon.

Le 2 octobre 1817, le préfet Siméon et le ministre de l’Intérieur Lainé reconnaissent la nouvelle Société des sciences, belles-lettres et arts du département du Var séant à Toulon, sous la présidence d’André Fleury, premier médecin chef du port. En 1832, le Conseil général lui alloue une subvention pour la parution d’un bulletin (parution en 1833). Le 29 août 1868, grâce à la requête du président Charles Richard, la préfecture donne l’autorisation de prendre le nom de Société académique du Var. Octave Tessier en devient le président. Finalement, c’est à la suite de la demande de Charles Richard que le préfet autorise, le 26 avril 1878, l’appellation définitive d’Académie du Var. Par décret du 25 juin 1933, elle est reconnue d’utilité publique. En mars 1978, le directeur du commissariat de la marine à Toulon, Jacques Ferrier, obtient l’autorisation pour l’académie d’installer son siège social au sein de la Corderie, qui jouxte l’arsenal. Elle fait partie de la Conférence nationale des académies et compte aujourd’hui environ 200 membres, dont 50 titulaires.