A l’origine, sous l’Ancien Régime, le roi pouvait accorder à des sociétés savantes, sous certaines conditions, des Lettres patentes leur permettant de prendre le titre recherché d’Académie, ce titre étant assorti de privilèges. Fondées au XVIIème siècle pour les plus anciennes, et au XVIIIème pour la plupart, ces Académies ont survécu aux bouleversements historiques puisqu’elles avaient toutes été supprimées lors de la Révolution en 1791, mais se sont ensuite recréées au début du XIXème siècle, puis elles se sont adaptées au fil des changements de régime. D’autres sociétés de même nature sont venues s’ajouter à ces académies les plus anciennes.

Longtemps ces académies ont œuvré dans leur ville et leur région sans chercher à se rapprocher, d’autant qu’elles avaient chacune des statuts, des particularismes et des activités, marqués par leur passé et par les conditions locales. Seul, Francisque Bouillier, docteur es lettres, Inspecteur général de l’Instruction publique, directeur de l’Ecole normale supérieure, membre de l’Académie des Sciences Morales et Politiques, membre de l’Académie de Lyon, avait milité en 1879 pour un rapprochement entre l’Institut et les Académies de province. Il a fallu ensuite attendre la fin des années mille neuf cent quatre-vingts pour que plusieurs académiciens conjuguent leurs convictions et leurs efforts pour initier et créer les conditions propices à un tel rapprochement.

Ainsi en 1987, Albert Brunois, ancien bâtonnier du Barreau de Paris, membre de l’Académie des Sciences Morales et Politiques, et le médecin-général Edmond Reboul, membre de l’Académie des Sciences, Belles-Lettres et Arts de Lyon, proposaient de favoriser les rapprochements entre Académies provinciales ainsi que les relations entre ces Académies et les Académies nationales. A leurs yeux, ce projet devait ainsi prolonger le rayonnement de l’Institut dans l’ensemble du pays et ce rapprochement devait permettre aux Académies de province de mieux se connaître, d’échanger, de mettre en commun leurs travaux et leurs recherches et d’étendre ainsi leur influence au niveau local mais aussi au plan national.

En 1989, sur proposition d’Edouard Bonnefous, Chancelier de l’Institut, Albert Brunois réunit à Paris les représentants des 23 Académies créées avant la Révolution.

En 1991, Edmond Reboul, alors président de l’Académie de Lyon, réunit dans cette ville les représentants des Académies de province et ceux de l’Institut. Le principe d’un rapprochement de ces Académies sous la dénomination de « Conférence Nationale des Académies des Sciences, Lettres et Arts » est adopté. Ce terme de « conférence » est apparu comme le mieux adapté vis-à-vis des parties prenantes, notamment pour bien montrer qu’en aucun cas ce rassemblement viendrait empiéter sur l’indépendance de chacune des académies, respectant ainsi pleinement leur autonomie, leur histoire, leur originalité et leurs particularités. A l’occasion de cette réunion à Lyon, de manière symbolique, une séance commune de travail s’était tenue entre l’Académie des Sciences et les académies de cette Conférence naissante.

En 1992, se tient une nouvelle réunion de la Conférence à Paris sous la présidence conjointe du professeur Jean Hamburger, membre de l’Académie Française, de l’Académie des Sciences et de l’Académie Nationale de Médecine, du professeur Jacques Friedel, membre de l’Académie des Sciences, et du bâtonnier Albert Brunois. Trois nouvelles Académies sont admises, celles de Savoie, du Var et de Versailles, portant ainsi le nombre total des Académies de la Conférence à 26. En 1993 les représentants de ces Académies se réunissent à Marseille.

C’est en 1994 que naît vraiment la Conférence à l’occasion d’une nouvelle réunion à Rouen : les statuts y sont élaborés et la présidence de la Conférence est confiée, pour une durée de deux années, fort naturellement au médecin-général Edmond Reboul, l’un des fondateurs de la Conférence.

Les statuts de la CNA, déposés auprès de la Préfecture de Paris, sont publiés au Journal officiel du 23 juin 1995. Cette même année, les représentants de la Conférence sont invités aux manifestations commémoratives du 200ème anniversaire de l’Institut à Paris. Le professeur Jean Imbert, membre de l’Académie des Sciences Morales et Politiques, est élu président d’honneur de la Conférence, représentant de l’Institut.

En 1996, accueillie par l’Académie de Stanislas, la Conférence tient sa première assemblée générale à Nancy. Elle tient un colloque sur le thème « La Lorraine, la France, l’Europe ». La présidence de la Conférence est confiée au professeur Alain Larcan, membre de l’Académie de Stanislas. Le médecin-général Edmond Reboul, président sortant, est élu président d’honneur. L’assemblée générale décide d’admettre  l’Académie de Montauban.

En 1997, l’assemblée générale se tient à Paris à l’Institut. En 1998, l’Académie de Versailles accueille l’assemblée générale avec un colloque sur « Versailles au XIXème siècle ». La présidence de la Conférence est confiée à Patrice Bonnefous, membre de l’Académie de Versailles.

En 1999, la Conférence tient son assemblée générale à Toulouse, à l’invitation conjointe de l’Académie des Jeux Floraux et de l’Académie des Sciences, Inscriptions, Belles-Lettres et Arts de Toulouse qui est ainsi la seule ville à compter deux Académies au sein de la Conférence.

En 2000, la Conférence est accueillie par l’Académie de La Rochelle. Charles Mavaut, membre de cette Académie, est élu président de la Conférence.

En 2001, à l’invitation d’Alain Plantey, président d’honneur et représentant l’Institut auprès de la Conférence, l’assemblée générale se tient à Paris et les représentants de la Conférence sont invités à la séance solennelle de rentrée de l’Institut de France.

En 2002, l’assemblée générale de la Conférence se tient à Besançon à l’occasion du 250ème anniversaire de l’Académie de Besançon et de Franche-Comté. Le professeur Michel Woronoff, membre de cette Académie, est élu président de la Conférence.

En 2003, l’assemblée générale se tient à Paris et la Conférence est invitée à la rentrée solennelle de l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres.

En 2004, l’Académie d’Angers accueille la Conférence avec l’organisation d’un colloque sur le thème « Les princes d’Anjou ; mémoires et survivances ». Le professeur Jean-Claude Rémy, de l’Académie d’Angers, est élu président de la Conférence.

En 2006, la Conférence est accueillie par l’Académie de Montpellier pour le tricentenaire de cette Académie. L’assemblée générale vote l’admission de l’Académie d’Orléans qui devient ainsi le 29ème membre de la Conférence. La présidence de la Conférence est confiée au professeur Daniel Grasset de l’Académie de Montpellier.

En 2007, l’assemblée générale se tient à l’Institut de France à Paris. Le ministre de l’Education nationale, Xavier Darcos, honore de sa présence le colloque sur le thème de « La Nation Française » et prononce une conférence sur  « L’Ecole et la Nation ».

En 2008, c’est l’Académie Delphinale qui accueille la Conférence à Grenoble. Le professeur André Laronde, membre de cette Académie, membre de l’Institut, est élu président de la Conférence.

En 2010, l’Académie de Metz fête son 250ème anniversaire ; à cette occasion elle accueille du 6 au 8 octobre la Conférence et madame le professeur Jeanne-Marie Demarolle, présidente de cette Académie de Metz,  prend la présidence de la Conférence.

En 2012, à l’occasion du tricentenaire de l’Académie de Bordeaux, la Conférence se réunit dans cette ville pour son assemblée générale, un colloque et une série de visites dans la région. Le Premier Président François Braud, de l’Académie de Bordeaux, est élu président de la Conférence.

En 2013, la Conférence organise son colloque et tient son assemblée générale à Paris, à la Fondation Simone et Cino Del Duca de l’Institut.

En 2014, la Conférence se réunit à Orléans, à l’invitation de l’Académie de cette ville. Madame Françoise L’Homer-Lebleu est élue présidente de la Conférence.

En 2015 la Conférence organise son colloque à Paris le 9 et 10 octobre, à la Fondation Simone et Cino Del Duca de l’Institut sur le thème : Le corps de l’homme.

En 2016 l’Académie du Var accueille  la Conférence et organise un colloque sur le thème : “Toulon, le Var et la mer”. Le professeur Jean-Paul Meyrueis membre et ancien président de l’Académie du Var est élu président de la Conférence.

En 2018 la Conférence, invitée par l’Académie d’Alsace, se réunit à Colmar et à Strasbourg sur le thème ” Des étoiles et des hommes “. Madame Christiane Roederer, membre et ancien président de l’Académie d’Alsace, est élue président de la Conférence.

En 2019 la Conférence organise son colloque à Paris les 11 octobre à la fondation Simone et Cino Del Duca et le 12 octobre à l’Institut sur le thème : L’Innovation.